Assim como os personagens de Jorge Amado, o Porto de Ilhéus tem a sua história vinculada ao ciclo do Cacau. Ainda no século XIX, a necessidade de tornar mais eficiente o escoamento da produção da região resultou na construção do ancoradouro na foz do rio Cachoeira. Em 17 de maio de 1920, numa parceria entre o Município e a inciativa privada foram realizadas obras que transformaram o antigo ancoradouro no primeiro porto de Ilhéus. Cinquenta e um anos depois, com o assoreamento do Cachoeira, foi inaugurado o novo porto, na Ponta do Malhado, o primeiro em alto mar construído no Brasil. Em 1977, com a criação da Companhia das Docas da Bahia, o porto foi incorporado a administração da empresa.

Nas últimas décadas, com o declínio da cultura cacaueira, o Porto de Ilhéus ganhou um novo perfil, buscando ampliar a sua área de influência, atraindo cargas diversas e de várias regiões da Bahia e de outros estados.

Hoje, além do cacau, a sua pauta de movimentação de cargas inclui a soja, milho, amêndoas, óxido de magnésio, concentrado de níquel, peças industrializadas e carga geral. Também atua como operador turístico, obtendo nos últimos anos um expressivo crescimento dessa atividade.